Tutkimus: Elinympäristö, ihon mikrobiomi ja allergisuus
Ihmisen mikrobiomi on iholla ja limakalvoilla elävien mikrobien ja niiden sisältämien geenien muodostama kokonaisuus. Mikrobiomin ja ihmisen immunologisen puolustusjärjestelmän välillä on jatkuvaa tietojen vaihtoa ja yhteistyötä. Mikrobiomin epätasapainotila voi altistaa erilaisten kroonisten sairauksien, kuten autoimmuunisairauksien tai allergioiden puhkeamiselle.
Väitöskirjatutkija Matilda Riskumäki kiinnostui mikrobeista jo aloittaessaan biologian opiskelunsa Oulun yliopistossa noin kymmenen vuotta sitten. Mikrobiomin, ihmisen immunologisen järjestelmän ja allergioiden välisen suhteen tutkiminen on johdattanut Riskumäen Oulusta ensin Ruotsiin Upsalan yliopistoon ja Karoliiniseen instituuttiin, ja sitten Helsingin yliopiston lääketieteelliseen tiedekuntaan.
”Minusta on hienoa ajatella, että me ihmiset emme ole täällä maailmassa yksin. Ympäristössämme on paljon erilaisia asioita, mutta jopa omalla ihollamme on aivan omanlaisensa mikrobeista muodostuva elävä yhteisönsä. Mikrobeja ajatellaan usein taudinaiheuttajina, mutta todellisuudessa suurin osa ihmisen iholla olevista mikrobeista on meille hyödyllisiä. Bakteeri tai virus eivät automaattisesti tuo mukanaan ongelmia. Allergioiden puhkeamiseen ihmisen mikrobiyhteisöillä näyttää kuitenkin olevan jonkinlaista vaikutusta”, valaisee Riskumäki väitöskirjansa tutkimusaihetta ja vielä alustavia tutkimustuloksiaan.
Instrumentariumin Tiedesäätiö myönsi Riskumäelle 28 000 euron apurahan hänen väitöskirjatutkimustaan ”Crosstalk between the living environment, skin microbiome and allergic sensitization” varten helmikuussa 2023.
Ihonäytteiden metagenomien sekvensointia
Riskumäen käytössä oleva tutkimusaineisto on kerätty pääosin kymmenen vuotta sitten sekä Pohjois-Karjalasta että rajan toiselta puolelta Venäjän Karjalasta. Suuri määrä iholta otettuja näytteitä luo hyvän mahdollisuuden tutkia alueiden välisiä eroja nykytekniikkaa hyödyntäen. Venäjän aloittaman hyökkäyssodan vuoksi vastaavanlaisen tutkimusaineiston kerääminen on tänä päivänä epätodennäköistä.
”Käyttämäni tutkimusmetodi on DNA-sekvensointi, jossa tutkittavana ovat iholta löytyvien mikrobien geenit. Pitkään sekvensoinnissa analysoitiin vain jotain tiettyjä osia tutkimuskohteiden koko perimästä, eli genomista. Tutkimuksessani metodina on metagenominen sekvensointi, jolloin tutkimuskohteena ovat yksittäisen näytteen kaikki mikrobilajit ja niiden geenit, eli näytteen metagenomi. Tämä tutkimustapa parantaa selvästi mikrobien lajitunnistusta sekä lisää tietoamme ihon mikrobilajien toiminnoista”, kertoo Riskumäki.
Samoja aineistoja on tutkittu jo aikaisemmin jonkin verran vanhemmilla tutkimustekniikoilla. Nyt päästään iholla olevien bakteerien ja hiivojen lisäksi tutkimaan myös viruksia ja sitä, miten eri mikrobit mahdollisesti käyttäytyvät iholla. Samalla tutkitaan, voiko mikrobien toiminnalla olla vaikutuksia immunologiseen järjestelmäämme.
Allergioita on Suomen puolella enemmän
Tutkimusaineistoa kerättiin noin 10 vuotta sitten sekä Suomen että Venäjän puolelta, jotta vertailut maantieteellisesti melko samanlaisten, mutta kulttuureiltaan, elintavoiltaan ja elinkeinoiltaan erilaisten alueiden välillä ovat mahdollisia.
”Venäjän puolella maanviljelys on paljon suuremman kansanosan elinkeino kuin Suomessa. Meillä kaupungistuminen on paljon pidemmällä. Tämä näkyy myös ihonäytteissä. Venäjän puolella allergioita on Suomea vähemmän. Tämä voi johtua kaupunkien biodiversiteetin pienenemisestä, joka altistaa meitä suomalaisia enemmän allergioille”, arvelee Riskumäki.
Apurahan avulla voi keskittyä olennaiseen, eli tutkimukseen
Riskumäen saama apuraha mahdollistaa hänelle väitöskirjatutkimuksen tekemisen kokonaiseksi vuodeksi. Suurempi apuraha on suuri helpotus, sillä nyt Riskumäki voi keskittyä varsinaiseen tutkimuksen tekemiseen erilaisten apurahahakemusten tekemisen sijaan. Apurahapäätös on myös vahvistus sille, että hänen väitöskirjatutkimuksensa on tärkeä ja merkityksellinen.
”Apuraha menee minulla kokonaisuudessaan elämiseen, eli lähinnä ruokaan ja asumiseen. Toivon ja uskon, että apuraha helpottaa myös jatkorahoituksen saamista. Olen noin puolessa välissä väitöskirjatutkimustani, joten useampi vuosi tutkimusta on vielä edessä”, arvelee Riskumäki.
Teksti: Kai Tarkka / Viestintäpalvelu Taika Oy
Kuva: Matilda Riskumäki